AlphaGenome：候选因果变异低估与功能先验
在 GTEx Whole Blood 中，将高 PIP 候选与同一基因附近的背景变异直接比较，解释 AlphaGenome 为何可有尚可的总体 eQTL 相关，却不能稳定预测个体表达差异。重点是位点内相对效应、模型 fold 稳定性及功能先验的使用边界，而不是为所有分数寻找一个统一放大常数。
结果43.3% 的 MPM-eSNV 比同窗口全部 non-eQTL 对照预测幅度更大；这个比例不是 credible-set coverage。
3 篇论文
功能评分的证据边界、GRG 稀疏计算与血液非整倍体遗传机制
从 AlphaGenome 的位点内变异效应诊断，到 Mikado 的稀疏三角求解，再到高精度非整倍体测量：分别展开模型与算法、真实数据结果和推断边界，讨论对功能先验、单细胞 QTL 与可复用计算的启示。
Mikado：GRG 稀疏三角求解与推断校准
利用 GRG 的 multi-tree 结构，将隐式基因型矩阵乘法改写为稀疏三角求解，通过分层和 wavefront 调度调用 MKL/cuSPARSE。PCA 与 BOLT-LMM-inf 的迭代计算受益显著；笔记分开解释代数等价、数值一致性、统计校准以及准备和数据移动成本。
结果AoU 全常染色体 PCA 为四张 A100 上 180 秒，对比 GRGL 的 5,391 秒；不是单卡结果。
血液非整倍体：测量模型、遗传架构与同源染色体机制
在 840,853 人血液 WGS 中去噪染色体深度，构建 LOX/LOY 连续表型及常染色体近似概率调用，再以 GWAS、等位特异分析和多等位结构变异解释染色体异常。重点是测量与表型分解如何改变遗传发现，以及克隆动态和健康因果仍有哪些未识别之处。
结果UKB 报告 828 项 lead associations；AoU 的 97% 指方向一致，而非全部显著复制。
本期按已确认的名单收录，不增加其他候选。AlphaGenome 诊断论文、Mikado 与血液非整倍体研究分别公开于 9 月 11 日、12 日和 9 日；9 月 14 日是推荐日期，三篇均为预印本 v1。
AlphaGenome：候选因果变异低估。 从单变异评分、elastic net、MPM-eSNV 和 prominence 讲起，再分析同位点竞争、跨模型方向稳定性与带真实标签的表达重构。对功能先验的延伸单独标为研究设想，不把分数、富集与 PIP 混为一谈。
Mikado：基因型表示图的稀疏三角求解。 推导选择矩阵与 GRG 的等价关系，说明分层和 wavefront 调度，并连接 PCA 与 LMM 的重复算子。内核、端到端时间、内存、停止准则以及 BOLT 校准尺度分别说明，不将数值相关接近 1 等同于推断校准已经充分验证。
血液非整倍体：从测量到遗传机制。 解释深度去噪、连续和概率表型、位点筛选规则、两类遗传力估计、同源染色体分解及 ICCE/DXZ4 结构变异证据，并讨论横断面克隆动态和 MR 的解释边界。
各篇详细笔记保留原文页码与原图出处链接；正文图像可从对应 PDF 页面查看。非整倍体论文的独立补充文件尚未取得，对 burden masks、互作及 XCI 等细节不作超出已取得材料的判断。没有重跑作者的个体级分析或性能实验，也未把论文承诺未来公开的数据登记成已可下载资源。