IFNα 与克隆竞争：分化出口、细胞状态及基因型
将同一患者的体细胞基因型、转录组、蛋白、染色质与治疗时间点联合，提出IFNα通过淋巴分化和炎症性髓系祖细胞出口改变克隆竞争。重点区分状态占据率、实际分化能力、增殖和长期克隆份额。
结果识别162个IMP细胞，其中136个来自治疗后样本；RNA/ATAC、RFX3过表达与集落实验支持炎症性髓系分化程序。
25 篇论文
遗传架构与统计模型
遗传力、混合模型、选择与复杂性状的效应分布。
APOE 分层 GWAS：分组发现、效应差异与正式交互
按APOE基因型分层开展AD GWAS，再以分层效应差异、等位基因剂量趋势和统一logistic交互模型分别检验背景依赖。DDHD1是有价值的案例，但全基因组正式交互检验、名义eQTL证据和表达介导不能混为一谈。
结果分层效应比较采用29个位点的0.0017阈值；全基因组SNP×APOE交互扫描仅APOE区域显著，DDHD1为P=1.62×10⁻⁶。
AoU 多祖源 PRS：更大训练集为何未必更好
比较AoU、UKB及其单祖源/多祖源组合在32个性状中的PRS表现。增加训练样本量通常有帮助，但大效应祖源富集变异和队列差异会改变最优组合；Figure 5的个体指标测量后验估计不确定性，不是个体表型预测R²。
结果AoU-AFR中跨biobank多祖源PRS的定量性状中位incremental R²为0.021，对比AoU-only 0.013和UKB-only 0.016；部分血细胞性状反而以AoU-only更优。
SPLENDID：连续祖源交互与稀疏多祖源预测
用基因型×祖源主成分交互刻画连续变化的预测效应，以 group-L0L1 选择变异组，再进行限制变异并集大小的稀疏集成。精读重点是筛选、非凸优化与独立调参的分工，以及预测优势中有多少真正来自交互。
结果非欧洲祖源验证样本中，九性状平均partial R²相对PRS-CSx提高65.8%；LDL-C的具体比较为0.068对0.041，而不是增加65.8个百分点。
Mikado：GRG 稀疏三角求解与推断校准
利用 GRG 的 multi-tree 结构，将隐式基因型矩阵乘法改写为稀疏三角求解，通过分层和 wavefront 调度调用 MKL/cuSPARSE。PCA 与 BOLT-LMM-inf 的迭代计算受益显著；笔记分开解释代数等价、数值一致性、统计校准以及准备和数据移动成本。
结果AoU 全常染色体 PCA 为四张 A100 上 180 秒，对比 GRGL 的 5,391 秒；不是单卡结果。
东亚精神分裂症 CNV：频率、检测与跨祖源效应
在44,161名东亚参与者中开展罕见CNV负担和基因水平关联，再与欧洲数据整合。重点是区分携带频率、检测能力、效应共享与因果基因定位；补充材料限定了正交验证覆盖的位点，也显示CNV–PRS交互依赖负担定义。
结果东亚基因检验阈值6.88×10⁻⁵，meta-analysis阈值3.17×10⁻⁵，来自100次最小P值置换；不是普通SNP GWAS阈值。
Generation Scotland：15,035 人的质谱 pQTL 资源
在 Generation Scotland 的 15,035 名参与者中，对 439 项血清质谱测量表型开展 fastGWA 与 COJO 分析，报告 1,553 个独立信号。439 项并非 439 个可唯一解释的蛋白：其中 133 项唯一映射，306 项为蛋白组。该资源补充抗体/适配体平台，但跨平台覆盖、分组歧义与 trans 工具变量限制需保留。
结果fastGWA 的阈值为 P<1.2×10⁻¹⁰；398 项表型有显著 pQTL，COJO 得到 1,553 个独立 SNP 信号。
GPN-Star：进化时间尺度、突变率校准与功能约束
把多物种全基因组比对与物种树显式纳入 Transformer，在脊椎动物、哺乳动物和灵长类三个时间尺度学习功能约束。关键不只是高分基准：不同任务使用校准 LLR、绝对 LLR 或校准熵；S-LDSC 与 DeepRVAT 提供了遗传统计应用证据，但尚未完成注释辅助 SuSiE 的直接验证。
结果V 模型更适合若干编码致病任务，M 模型在高 PIP GWAS 变异排序中更强，P 模型在 106 项性状的 S-LDSC 分析中最突出。
血液非整倍体：测量模型、遗传架构与同源染色体机制
在 840,853 人血液 WGS 中去噪染色体深度，构建 LOX/LOY 连续表型及常染色体近似概率调用，再以 GWAS、等位特异分析和多等位结构变异解释染色体异常。重点是测量与表型分解如何改变遗传发现，以及克隆动态和健康因果仍有哪些未识别之处。
结果UKB 报告 828 项 lead associations；AoU 的 97% 指方向一致，而非全部显著复制。
家内祖源效应：随机遗传分离、家庭混杂与解释边界
在墨西哥城队列中，比较 52,583 名无亲缘者与 17,627 个家庭、39,714 名亲属的祖源–性状关联。研究利用家内祖源的随机遗传分离，区分个体祖源效应与额外家庭祖源效应；身高和 T2D 提供显著结果，但家内估计精度较低，也不能直接解释为不经过社会环境的纯生物机制。
结果相对欧洲祖源，Indigenous American 祖源的家内身高效应为 −1.51 SD；T2D 家内 log OR 为 5.13，均按祖源比例从 0 到 1 的尺度报告。
AlphaGenome Atlas：AVI 评分与非编码稀有变异集合检验
预计算约 90 亿个 SNV 与超过 1 亿个已观察到的 indel 的分子效应，再以群体频率构造代理标签，整合为 AVI。重点是功能注释如何改变稀有变异集合检验：UKB 蛋白分析中，加入 Atlas 注释后条件独立的非编码集合发现由 595 增至 728；这一收益并非 AVI 单独带来，且分析使用较早内部版本。
结果54,189 名 UKB 参与者、2,028 项蛋白的 cis 集合分析，加入 Atlas 注释后发现增加约 22%；进一步调整单变异后 241 项中 177 项来自 Atlas。
FM-GPT：局部 GReX 引导的多表型基因精细定位
在每个候选位点内联合建模遗传预测表达、潜在表型因子和混合类型结局，用基因及基因–因子两层选择产生基因 PIP。UKB 皮层厚度与 EHR 应用展示候选集缩小，但因子数错设的模拟明显失去 FDR 控制；因子方向、筛选步骤与比较方法的输入转换需要单独解释。
结果EHR 分析从 245,687 人的记录得到 169 个筛选后表型，再对 39 个有 TWAS 信号的表型联合定位，报告 60 个候选基因。
GSR：固定基因收录频率后重新评估通路富集
GSR 交换基因—通路连接，固定每个基因的收录频率及每条通路大小，为原始 GWAS 富集结果构造经验参照并重排优先级。12 个性状、4 种基础方法的比较显示，随机通路零模型会显著影响名义显著率；调整后与疾病关联资源的一致性多有改善，但不构成正式错误率控制。
结果在 GSR 随机通路下，原方法各性状平均 FPR 范围为 MAGMA 0.0279–0.0836、Pascal 0.0474–0.144、PRSet 0.0452–0.414；这不是调整后经验 p 值的校准结果。
MS 遗传学：从跨祖源 GWAS 到细胞亚群与病灶空间
将日本、欧洲、非洲和美洲祖源的 MS GWAS 与患者 PBMC、脑病灶单核及空间转录组连接起来。scDRS 使用跨祖源结果定位 CD4 T 亚群和内皮细胞，gsMap 使用欧洲祖源结果比较活动与非活动病灶。重点是多基因证据怎样映射到细胞和空间，而不是将富集直接解释成细胞特异 eQTL 或因果机制。
结果PBMC 来自 20 名 MS 患者、163,541 个细胞；脑单核数据为 6 名患者的 7 个病灶、74,686 个细胞。
Beyond exons：多基因性与非编码遗传力的分布
以 34 个性状分析多基因性、基因组区域 SNP 遗传力与注释拟合贡献：多基因性较高的性状有较低的外显子份额、较高的基因间区份额。ACS 衡量拟合改善，不能直接作为功能先验概率。
结果完整 74 注释模型采用无穷小近似；ACS 是单注释恢复完整模型拟合改善的比例，不是独立遗传力贡献或 PIP。
突变率与变异效应预测：保守性偏差和真实的稳定性缓冲
比较 50 种错义变异预测与保守性分数，并用 DMS 稳定性数据检验突变率依赖：多数分数把较难发生的替换预测得更有害，但真实稳定性缓冲只能解释其中一部分关联。
结果两组独立 DMS 稳定性数据支持更易发生的替换平均损害稍小；位点率与三核苷酸平均率分析的 Kendall 秩相关仅为 −0.02、−0.03 和 −0.008。
非线性 PRS：遗传架构与样本量如何决定预测收益
理论、模拟和 UKB 预测显示，非线性模型的收益取决于尚未被加性投影捕获的交互方差及训练样本量；在固定 SNP 集合的缺血性心脏病分析中，XGBoost 未见明显优势。
结果UKB 的 C+T、elastic net 与 XGBoost 增量表现接近；共同输入仅含 32 或 162 个筛选后 SNP。
脑发育三维表观组：把风险变异连接到细胞类型与靶基因
在四类发育期胶质细胞群中整合开放染色质、DNA 甲基化和启动子互作，连接候选调控元件与靶基因；再结合序列模型和体内实验检验精神分裂症风险变异。
结果11,360 个预先优选的精神分裂症变异中，929 个落在可及区域，112 个被预测影响可及性。
AlphaGenome：古人类渗入变异的功能预测与实验边界
用巴布亚 LCL 和 MPRA 验证 AlphaGenome 对古人类渗入变异的预测：基线活性预测良好，等位基因表达效应相关接近零，可及性效应有较弱且依实验终点变化的支持。
结果同一批 67 个 ATAC 变异中，预测与 MPRA 的相关为 0.562，与 LCL 可及性差异为 0.075，实验终点影响验证结论。
血液与肠道 eQTL：补上 IBD 风险位点的细胞类型背景
在血液和肠道的细胞类型中比较 cis-eQTL 与 IBD GWAS 关联模式，共为 140 个风险位点找到匹配信号。肠道特异调控补充了仅研究外周血会遗漏的候选基因。
结果FDR ≤ 0.05：119 个风险位点、379 个基因；放宽至 0.10：140 个位点、556 个基因。
OmicsPred：多组学遗传预测模型数据库
OmicsPred 集中收录转录组、蛋白组和代谢组的遗传预测权重，并为每个模型记录训练队列、组织、平台、祖源、变异数、建模方法和预测性能等元数据。
结果模型可按组织、平台、祖源、训练方法和预测性能检索，并提供 PGS Catalog Calculator 与 MetaXcan 等兼容格式。
AB-PRS：在已有 PRS 上补充目标队列的预测信号
AB-PRS 保留已有多基因风险评分，在目标队列中重新编码 SNP 并筛选额外预测成分，再与原评分组合。它讨论的是预测模型更新，而非将非加性信号直接解释成致病机制。
结果改进大小依赖性状及原有 PRS；部分场景有显著提升，另一些与强基线相近。
脑组织细胞背景依赖的 lncRNA eQTL 与疾病共定位
作者在 2,443 个 cortical bulk RNA-seq 样本中扩展 lncRNA 注释，并通过 genotype × deconvolution-derived cell proportion 交互检验寻找细胞背景依赖的 eQTL，再与脑相关 GWAS 进行共定位。
结果与脑相关 GWAS 得到 118 个 lncRNA–trait 共定位事件，约三分之二仅在显式建模细胞背景后被发现。
罕见变异非加性效应的 biobank-scale 检验
论文构造与加性基因型编码正交的非加性编码，并将两者接入线性混合模型，在近 40 万 UK Biobank 样本中检验罕见变异的剂量–表型关系是否偏离加性。
结果约三分之一的同源 gene–protein 关系显示非线性剂量响应。
CIGMA：量化跨细胞类型共享与特异的 eQTL 架构
CIGMA 用方差组分模型估计一个基因的 cis 或 trans 调控效应中，跨细胞类型共享部分与细胞类型特异部分各占多少，从而避免只依据显著 eQTL 数量推断调控特异性。
结果作者估计 cis 调控约 30% 具有细胞类型特异性，而 trans 调控约 60% 具有细胞类型特异性。