← 全部主题
6 篇论文

多基因预测

多基因评分、模型更新、跨队列与跨祖源预测。

Nature Genetics Version of record 更新 值得关注

AoU 多祖源 PRS:更大训练集为何未必更好

比较AoU、UKB及其单祖源/多祖源组合在32个性状中的PRS表现。增加训练样本量通常有帮助,但大效应祖源富集变异和队列差异会改变最优组合;Figure 5的个体指标测量后验估计不确定性,不是个体表型预测R²。

结果AoU-AFR中跨biobank多祖源PRS的定量性状中位incremental R²为0.021,对比AoU-only 0.013和UKB-only 0.016;部分血细胞性状反而以AoU-only更优。

Nature Methods Version of record 更新 重点阅读

SPLENDID:连续祖源交互与稀疏多祖源预测

用基因型×祖源主成分交互刻画连续变化的预测效应,以 group-L0L1 选择变异组,再进行限制变异并集大小的稀疏集成。精读重点是筛选、非凸优化与独立调参的分工,以及预测优势中有多少真正来自交互。

结果非欧洲祖源验证样本中,九性状平均partial R²相对PRS-CSx提高65.8%;LDL-C的具体比较为0.068对0.041,而不是增加65.8个百分点。

medRxiv medRxiv v1 更新 值得关注

血液非整倍体:测量模型、遗传架构与同源染色体机制

在 840,853 人血液 WGS 中去噪染色体深度,构建 LOX/LOY 连续表型及常染色体近似概率调用,再以 GWAS、等位特异分析和多等位结构变异解释染色体异常。重点是测量与表型分解如何改变遗传发现,以及克隆动态和健康因果仍有哪些未识别之处。

结果UKB 报告 828 项 lead associations;AoU 的 97% 指方向一致,而非全部显著复制。

Nature 值得关注

家内祖源效应:随机遗传分离、家庭混杂与解释边界

在墨西哥城队列中,比较 52,583 名无亲缘者与 17,627 个家庭、39,714 名亲属的祖源–性状关联。研究利用家内祖源的随机遗传分离,区分个体祖源效应与额外家庭祖源效应;身高和 T2D 提供显著结果,但家内估计精度较低,也不能直接解释为不经过社会环境的纯生物机制。

结果相对欧洲祖源,Indigenous American 祖源的家内身高效应为 −1.51 SD;T2D 家内 log OR 为 5.13,均按祖源比例从 0 到 1 的尺度报告。