AoU 多祖源 PRS:更大训练集为何未必更好
比较AoU、UKB及其单祖源/多祖源组合在32个性状中的PRS表现。增加训练样本量通常有帮助,但大效应祖源富集变异和队列差异会改变最优组合;Figure 5的个体指标测量后验估计不确定性,不是个体表型预测R²。
结果AoU-AFR中跨biobank多祖源PRS的定量性状中位incremental R²为0.021,对比AoU-only 0.013和UKB-only 0.016;部分血细胞性状反而以AoU-only更优。
多基因评分、模型更新、跨队列与跨祖源预测。
比较AoU、UKB及其单祖源/多祖源组合在32个性状中的PRS表现。增加训练样本量通常有帮助,但大效应祖源富集变异和队列差异会改变最优组合;Figure 5的个体指标测量后验估计不确定性,不是个体表型预测R²。
结果AoU-AFR中跨biobank多祖源PRS的定量性状中位incremental R²为0.021,对比AoU-only 0.013和UKB-only 0.016;部分血细胞性状反而以AoU-only更优。
用基因型×祖源主成分交互刻画连续变化的预测效应,以 group-L0L1 选择变异组,再进行限制变异并集大小的稀疏集成。精读重点是筛选、非凸优化与独立调参的分工,以及预测优势中有多少真正来自交互。
结果非欧洲祖源验证样本中,九性状平均partial R²相对PRS-CSx提高65.8%;LDL-C的具体比较为0.068对0.041,而不是增加65.8个百分点。
在 840,853 人血液 WGS 中去噪染色体深度,构建 LOX/LOY 连续表型及常染色体近似概率调用,再以 GWAS、等位特异分析和多等位结构变异解释染色体异常。重点是测量与表型分解如何改变遗传发现,以及克隆动态和健康因果仍有哪些未识别之处。
结果UKB 报告 828 项 lead associations;AoU 的 97% 指方向一致,而非全部显著复制。
在墨西哥城队列中,比较 52,583 名无亲缘者与 17,627 个家庭、39,714 名亲属的祖源–性状关联。研究利用家内祖源的随机遗传分离,区分个体祖源效应与额外家庭祖源效应;身高和 T2D 提供显著结果,但家内估计精度较低,也不能直接解释为不经过社会环境的纯生物机制。
结果相对欧洲祖源,Indigenous American 祖源的家内身高效应为 −1.51 SD;T2D 家内 log OR 为 5.13,均按祖源比例从 0 到 1 的尺度报告。
理论、模拟和 UKB 预测显示,非线性模型的收益取决于尚未被加性投影捕获的交互方差及训练样本量;在固定 SNP 集合的缺血性心脏病分析中,XGBoost 未见明显优势。
结果UKB 的 C+T、elastic net 与 XGBoost 增量表现接近;共同输入仅含 32 或 162 个筛选后 SNP。
AB-PRS 保留已有多基因风险评分,在目标队列中重新编码 SNP 并筛选额外预测成分,再与原评分组合。它讨论的是预测模型更新,而非将非加性信号直接解释成致病机制。
结果改进大小依赖性状及原有 PRS;部分场景有显著提升,另一些与强基线相近。