最新一期3 篇论文

跨祖源 CNV、克隆分化与空间分子归属

三篇精读:东亚精神分裂症罕见 CNV 的检测与跨祖源关联;IFNα 下的体细胞基因型、造血分化与克隆竞争;CellDot 的分子级最优传输去污染。

论文精选

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东亚精神分裂症 CNV:频率、检测与跨祖源效应

在44,161名东亚参与者中开展罕见CNV负担和基因水平关联,再与欧洲数据整合。重点是区分携带频率、检测能力、效应共享与因果基因定位;补充材料限定了正交验证覆盖的位点,也显示CNV–PRS交互依赖负担定义。

结果东亚基因检验阈值6.88×10⁻⁵,meta-analysis阈值3.17×10⁻⁵,来自100次最小P值置换;不是普通SNP GWAS阈值。

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IFNα 与克隆竞争:分化出口、细胞状态及基因型

将同一患者的体细胞基因型、转录组、蛋白、染色质与治疗时间点联合,提出IFNα通过淋巴分化和炎症性髓系祖细胞出口改变克隆竞争。重点区分状态占据率、实际分化能力、增殖和长期克隆份额。

结果识别162个IMP细胞,其中136个来自治疗后样本;RNA/ATAC、RFX3过表达与集落实验支持炎症性髓系分化程序。

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CellDot:分子归属、容量约束与空间去污染

把空间RNA污染建模为分子在宿主、邻近细胞和背景之间的归属问题,以参考表达、空间距离和两类容量约束求解稀疏熵正则最优传输。重点区分正文硬约束形式与实际软容量求解、连续计划与离散解码,以及参考一致性与独立验证。

结果宫颈癌717,576细胞、17,285个共享基因、880.8百万进入求解器的分子:1.8小时,274 GB主机内存、16.8 GB GPU内存。其他方法全切片时间主要为外推,不是都实际运行失败。

连续祖源、局部单倍型与遗传背景依赖4 篇 →功能评分的证据边界、GRG 稀疏计算与血液非整倍体遗传机制3 篇 →多表型基因定位、MS 空间遗传学与亿级单细胞计算3 篇 →