邻近变异的四单倍型 MPRA：背景依赖与非加性
对7,285对相距不超过75 bp的变异设计全部四种单倍型，区分单变异效应、邻近背景与双变异非加性。关键不只是105/178的比例，而是DESeq2对比、共享参照造成的协方差，以及实验反事实与人群LD可识别性的差别。
结果强活性/强差异筛选后的178个集合中，105个满足作者的95%置信区间不重叠规则；59%不是全基因组非加性发生率。
3 篇论文
细胞扰动与功能验证
基因扰动、CRISPR 实验与细胞状态变化。
IRIS：从组合刺激实验学习可迁移的单细胞信号响应
用组合信号刺激实验训练 scANVI 条件变分自编码器与分类器，从单细胞转录组推断 WNT、BMP、FGF、TGF-β、RA 的激活标签。研究通过整套筛选留出、跨胚层和跨物种测试，再据预测调整呼吸间充质分化的 WNT 刺激时机；所谓信号历史仍依赖谱系和伪时间，而不是单个细胞的直接纵向记录。
结果除随机细胞划分外，还做五套生物筛选的留一测试、内胚层到中胚层及小鼠到人类迁移；少量目标物种数据可帮助跨物种预测。
scAtlasPy：磁盘驻留、随机数据流与亿级单细胞分析
用 DuckDB 中的混合稀疏存储、顺序读取与有限缓冲随机化，把数据规模与全矩阵驻留内存的要求分开。论文报告在 64 GB 内存笔记本上完成约一亿细胞工作流，并验证读取吞吐和数值一致性。关键边界是 UMAP/Louvain 采用子集教师与全量预测，不能把 full-resolution 理解成对全部细胞执行完全相同的全图算法。
结果随机 minibatch 基准约 13.8 万 cells/s，为所测 scDataset 配置的 10.4 倍；峰值 RSS 为 6.51 对 37.40 GB。