Beyond exons：多基因性与非编码遗传力的分布
以 34 个性状分析多基因性、基因组区域 SNP 遗传力与注释拟合贡献：多基因性较高的性状有较低的外显子份额、较高的基因间区份额。ACS 衡量拟合改善，不能直接作为功能先验概率。
结果完整 74 注释模型采用无穷小近似；ACS 是单注释恢复完整模型拟合改善的比例，不是独立遗传力贡献或 PIP。
4 篇论文
非编码遗传力、状态交互与多基因 QTL 的证据边界
两篇近期新作讨论功能注释与序列模型验证；补读 CASTIE 和 sc-pcQTL，比较单细胞状态交互、多基因表达表型及共定位的统计含义。四篇均为全文 notes，并标明缺失的独立补充材料。
CASTIE：全 cis 扫描中的细胞状态交互 eQTL
CASTIE 用两类随机效应、可复用的基因零模型及自适应供者稳健方差扫描状态交互 eQTL，在免疫细胞与代谢刺激数据中恢复静态模型遗漏的调控关联。
结果374 个状态级共定位关联对应 270 个 gene×trait×cell-compartment 组合，其中 197 个未被对应静态共定位恢复。
sc-pcQTL：以局部多基因表达 PC 寻找遗传关联
先用 hurdle 模型筛选邻近基因共表达，再以表达 PC 进行单细胞 QTL 和共定位分析。新增的 46 个 pcQTL-specific 信号组有生物学线索，但组件校准不能替代整个筛选流程的多重性验证。
结果394 个共定位信号组中，46 个仅由 pcQTL 提供，相对包含 eQTL 的 348 组增加 13.2%；这些不是 46 个独立疾病位点。
AlphaGenome：古人类渗入变异的功能预测与实验边界
用巴布亚 LCL 和 MPRA 验证 AlphaGenome 对古人类渗入变异的预测：基线活性预测良好，等位基因表达效应相关接近零，可及性效应有较弱且依实验终点变化的支持。
结果同一批 67 个 ATAC 变异中，预测与 MPRA 的相关为 0.562，与 LCL 可及性差异为 0.075，实验终点影响验证结论。
本期按 9 月 7 日阅读推荐发布，论文卡片保留各自实际公开日期。Beyond exons 与 AlphaGenome 渗入变异评估列为本周新作，CASTIE 与 sc-pcQTL 列为方法补读。
四篇均依据提供的正文 PDF 完成模型、主要结果与原图核对。独立补充表或补充方法未随附件提供的部分，已在各篇开头说明；不将正文引用的补充结果写成已逐项复核。
可先读 Beyond exons，区分遗传力份额与注释拟合贡献；再读 CASTIE，并与前一期 Dynema 对照；sc-pcQTL 进一步讨论如何构造多基因表型；AlphaGenome 则检验序列模型分数到实验效应之间的距离。