4 篇主要阅读＋1 篇 pQTL 资源论文：优先阅读 AlphaGenome Atlas 与 GPN-Star，比较功能预测、进化约束和遗传关联的证据边界；再看家内祖源模型与 IRIS 的跨域验证。Generation Scotland 补充 15,035 人的质谱 pQTL 资源与蛋白组测量口径。
预计算约 90 亿个 SNV 与超过 1 亿个已观察到的 indel 的分子效应，再以群体频率构造代理标签，整合为 AVI。重点是功能注释如何改变稀有变异集合检验：UKB 蛋白分析中，加入 Atlas 注释后条件独立的非编码集合发现由 595 增至 728；这一收益并非 AVI 单独带来，且分析使用较早内部版本。
结果54,189 名 UKB 参与者、2,028 项蛋白的 cis 集合分析，加入 Atlas 注释后发现增加约 22%；进一步调整单变异后 241 项中 177 项来自 Atlas。
把多物种全基因组比对与物种树显式纳入 Transformer，在脊椎动物、哺乳动物和灵长类三个时间尺度学习功能约束。关键不只是高分基准：不同任务使用校准 LLR、绝对 LLR 或校准熵；S-LDSC 与 DeepRVAT 提供了遗传统计应用证据，但尚未完成注释辅助 SuSiE 的直接验证。
结果V 模型更适合若干编码致病任务，M 模型在高 PIP GWAS 变异排序中更强，P 模型在 106 项性状的 S-LDSC 分析中最突出。
在墨西哥城队列中，比较 52,583 名无亲缘者与 17,627 个家庭、39,714 名亲属的祖源–性状关联。研究利用家内祖源的随机遗传分离，区分个体祖源效应与额外家庭祖源效应；身高和 T2D 提供显著结果，但家内估计精度较低，也不能直接解释为不经过社会环境的纯生物机制。
结果相对欧洲祖源，Indigenous American 祖源的家内身高效应为 −1.51 SD；T2D 家内 log OR 为 5.13，均按祖源比例从 0 到 1 的尺度报告。
用组合信号刺激实验训练 scANVI 条件变分自编码器与分类器，从单细胞转录组推断 WNT、BMP、FGF、TGF-β、RA 的激活标签。研究通过整套筛选留出、跨胚层和跨物种测试，再据预测调整呼吸间充质分化的 WNT 刺激时机；所谓信号历史仍依赖谱系和伪时间，而不是单个细胞的直接纵向记录。
结果除随机细胞划分外，还做五套生物筛选的留一测试、内胚层到中胚层及小鼠到人类迁移；少量目标物种数据可帮助跨物种预测。
在 Generation Scotland 的 15,035 名参与者中，对 439 项血清质谱测量表型开展 fastGWA 与 COJO 分析，报告 1,553 个独立信号。439 项并非 439 个可唯一解释的蛋白：其中 133 项唯一映射，306 项为蛋白组。该资源补充抗体/适配体平台，但跨平台覆盖、分组歧义与 trans 工具变量限制需保留。
结果fastGWA 的阈值为 P<1.2×10⁻¹⁰；398 项表型有显著 pQTL，COJO 得到 1,553 个独立 SNP 信号。
本期按已确认的名单收录 4 篇主要阅读论文与 1 篇 pQTL 资源论文。AlphaGenome Atlas 和 IRIS 实际公开于 9 月 8 日，GPN-Star、家内祖源研究与 Generation Scotland 论文公开于 9 月 9 日；日报日期不替代论文自身的公开日期。
优先读 AlphaGenome Atlas → GPN-Star。前者从分子预测与群体频率代理标签构造综合评分，并检验稀有变异集合；后者显式建模多物种与进化时间尺度，区分校准 LLR、绝对 LLR 和位置熵在不同任务中的用途。两篇均提供遗传统计应用证据，但都不能把模型分数直接当作 fine-mapping PIP。
接着读家内祖源论文，重点看个体祖源与额外家庭祖源系数的参数化，以及定量性状和 T2D logistic 模型的不同随机效应。IRIS 则重点看组合刺激标签、整套筛选留出、跨物种迁移与 WNT 分化实验，而不是把分类概率当成真实通路强度或直接记录的细胞历史。
Generation Scotland 作为本期资源论文提供独立全文解读，并纳入QTL 资源目录。439 项测量包含 133 个唯一映射蛋白与 306 个蛋白组；汇总统计于 2026 年 2 月已开放，本期新进展是论文发表。
五篇均已依据正文与核心 Methods 编写详细 notes，配有核验后的原图。GPN-Star 补读架构、训练、突变率校准和遗传分析补充方法；家内祖源研究补读系数推导；各篇分别标明独立补充表、原始数据和代码执行未覆盖的范围。AlphaGenome Atlas 是公开技术报告，Generation Scotland 是已接受提前公开版本，未将二者写成已经完成最终版本复现的结果。